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德州大学与华中科大研究组发表《Cell Reports》封面文章揭示核仁小RNA与癌症的关系
发布时间:2017-11-20

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11月14日,细胞出版社旗下期刊《细胞·报告》(Cell Reports)以封面文章发表了题为“A Pan-cancer Analysis of the Expression and Clinical Relevance of Small Nucleolar RNAs in Human Cancer”的论文,揭示了核仁小RNA在癌症中的分型和临床相关性及其功能。据悉,这是德州大学休斯敦健康科学中心韩冷教授、德州大学MD Anderson癌症中心Lin Chunru教授和华中科技大学郭安源教授合作的最新研究成果。论文第一作者包括德州大学的龚静博士和华中科技大学的柳纯洁博士生。

核仁小RNA(snoRNA)是长度在60~300个碱基的非编码RNA。它们能够结合核糖核蛋白(RNPs)形成稳定的RNA蛋白复合体snoRNP,指导核糖体RNA的甲基转移和假尿苷化,调控RNA可变剪接。人类基因组中编码有1500多个snoRNA。最近研究发现snoRNA参与癌症的发生发展,但癌症中snoRNA的作用尚无系统研究,snoRNA与癌症的临床相关性也不确定。

该文中,作者基于美国癌症基因组图谱计划TCGA项目中的小RNA测序数据,开发生物信息计算方法,鉴定snoRNA在不同癌症中的表达量。研究人员检测出高表达的snoRNA及其对应的核糖核蛋白,同时对31种癌症超过10000个癌症样本的临床数据、拷贝数变异和甲基化进行关联分析。研究发现snoRNA的表达受到其宿主基因、拷贝数变异及DNA甲基化等多种复杂调控。对高表达snoRNA进行非监督聚类分析,发现snoRNA表达聚类的亚型与现有的临床或分子分型高度一致,表明snoRNA可以作为一类新型的分型标志物。进一步筛选,发现46个snoRNA与18种癌症的生存、亚型及分期有显著的相关性。功能验证发现SNORD46这一snoRNA能够促进细胞增殖、转移和侵染,证实了研究结果。

为了共享这些snoRNA的分析结果,研究人员还构建了一个用户友好的在线数据服务网站SNORic(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/SNORic),这将极大地方便全世界相关研究人员和促进该领域的发展。该研究为进一步解析snoRNA的重要功能打下了坚实的基础,同时突出了snoRNA作为癌症生物标志物或治疗靶标的潜力,为癌症研究提供了新的思路和重要数据资源。

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据了解,韩冷教授(实验室网站https://med.uth.edu/bmb/labs/han/labnews/)一直致力于利用生物大数据研究癌症和心脏病等复杂疾病的致病机理。近5年来,其研究团队利用The Cancer Genome Atlas的大规模数据深入研究了RNA editing、lncRNA、pseudogene、alternative polyadenylation、snoRNA在癌症中的作用。在Cancer Cell、Nature Communications、Journal of the National Cancer Institute、Trends in Genetics、Cell Reports等杂志发表数篇论文,被引用超过4000次。

郭安源教授(实验室网站http://bioinfo.life.hust.edu.cn/)在生物信息领域颇有建树,发展了转录因子与miRNA在复杂疾病中的共调控网络研究方法,建立和持续维护升级了AnimalTFDB、miRNASNP和lncRNASNP等一系列在国际上有一定影响力的专业数据库,在白血病等癌症中系统研究转录因子与miRNA的调控机制,发现重要调控分子。2017年已在Nucleic Acids Research、Cell Reports、Briefings in Bioinformatics和Theranostics等SCI杂志发表论文5篇。近5年来,在Cancer Research和Nucleic Acids Research等杂志发表论文20多篇,被引用1500多次,多篇论文获评高被引论文。教学和指导学生方面,主讲多门专业课,获得教学质量二等奖和优秀班主任等称号,指导学生获得湖北省优秀博士论文和学士论文等。

参考文献:

Jing Gong, Yajuan Li, Chunjie Liu, Yu Xiang, et al. A Pan-cancer Analysis of the Expression and Clinical Relevance of Small Nucleolar RNAs in Human Cancer. Cell Reports (2017). Cell Rep. 2017 Nov 14;21(7):1968-1981. doi: 10.1016/j.celrep.2017.10.070. 

本文由 测序中国 作者:白云 发表


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