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肝癌基因组测序揭示与饮酒相关的突变特征
发布时间:2017-11-07

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肝癌是对人类健康危害最大的癌症之一。大家都知道,饮酒是肝癌的主要危险因素。近日,法国的一个研究小组收集了大量肿瘤基因组信息,概括了与饮酒及其他环境暴露有关的突变特征。这项成果 发表 在《Nature Communications》上。

研究人员深入挖掘了 250 多个现有的肝癌基因组序列,并新测序了几十个基因组。从这些数据中,他们挑选出 16 个与环境暴露密切关联的特征,包括 10 个突变特征和 6 个结构重排特征。他们进一步发现,特征 16 似乎是肝癌特有的。具体表现为 CTNNB1 基因突变和转录偶联的损伤,在患有肝癌的男性或吸烟饮酒的个体中特别常见。

在这项研究中,为了深入探究肝癌的突变过程和环境暴露,法国国家基因分型中心和 Integragen 公司利用 Illumina Genome Analyzer、HiSeq 2000 或 HiSeq 2500 测序仪,分别对 14 对和 30 对肿瘤正常样本进行测序。

研究人员指出,在新测序的肿瘤中,35 个是肝细胞癌(HCC),它们与丙型肝炎病毒和乙型肝炎病毒感染、酒精滥用、代谢疾病等因素相关联。利用序列数据,研究人员追踪了每个肿瘤中数千个单核苷酸改变、750 多个插入缺失和几十个结构变异,以及乙型肝炎病毒感染造成的插入。

接下来,研究人员又添加了 264 个肝细胞癌的基因组序列数据,这是国际癌症基因组联盟通过对日本患者测序而获得的。他们希望从中挑选出肝细胞癌所特有的突变特征。

他们发现,某些突变或结构重排似乎仅限于一小部分肿瘤,仅在 5% 的病例中出现。相比之下,特征 16、特征 4(以前与肺癌的烟草暴露关联)或与年龄相关的特征 1 和 5,几乎在所有肝细胞癌中都出现。

通讯作者之一、巴黎笛卡尔大学的 Jessica Zucman-Rossi 及其同事表示:“特征 16 是肝癌的真正标志,在每个肿瘤中都有效,占所有体细胞突变的 40%。这个特征的增加与男性性别、饮酒和吸烟相关联。” 特征 16 具体表现为 CTNNB1 基因突变和转录偶联的损伤。

通过深入研究特征 16 及其他特征,研究人员对肝癌发展的过程有了一定的了解。他们还利用序列数据来追踪癌症发展过程中特定肿瘤特征的进化和扩展。

参考文献:Mutational signatures reveal the dynamic interplay of risk factors and cellular processes during liver tumorigenesis.Eric Letouzé,Jean-François Deleuze8 & Jessica Zucman-Rossi et al.Nature Communications.2017


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